Azərbaycan öz dövlət müstəqilliyini bərpa etdikdən az sonra – 1992-ci il yanvarın 29-da müstəqil gömrük sisteminin əsası qoyuldu. Gömrük dövlət xəzinəsini gəlirlə təmin edən ən mühüm dövlət atributlarından biridir. Gömrük sistemi həm də ölkəyə qeyri-qanuni yolla müxtəlif malların gətirilməsinin, habelə ölkənin ən mühüm strateji sərvətlərinin aparılmasının qarşısını alır. Azərbaycanda gömrük sisteminin təşkili tarixi çox qədimdir.

Tarix boyu mövcud olmuş bütün Azərbaycan dövlətlərində gömrük xidməti ilə məşğul olan xüsusi təsisatlar fəaliyyət göstərmişlər. Lakin gömrük sisteminin elmi-hüquqi əsaslarla təşkili ilk dəfə Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti dövründə olmuşdur.

Azərbaycan ərazisini qeyri-qanuni ticarətdən və qaçaqmalçılıqdan qorumaq məqsədilə hökumətin 1918-ci il 12 iyul tarixli qərarı ilə Qazax qəzasının Salahlı və Şıxlı kəndlərində, Poylu dəmir yolu stansiyasında ilk gömrük postları yaradılmışdı. Azərbaycan hökuməti gömrük sisteminin fəaliyyətə başlamasını təmin edən sənədi 1918-ci il avqustun 10-da qəbul etmişdi.

Azərbaycan parlamentinin 1918-ci il 18 avqust tarixli qanununa əsasən, qaçaqmalçılıqla mübarizə, ölkənin ərazisini qeyri-qanuni ticarətdən qorumaq məqsədilə Azərbaycanın sərhədlərində 99 gömrük postu yaradılmışdı və burada 992 gömrük işçisi keşik çəkirdi. Aprel işğalı digər sahələrdə olduğu kimi, gömrük sistemində də işlərin başa çatdırılmasına imkan vermədi.

SSRİ dövründə Azərbaycanda gömrük sistemi mövcud olmamışdır.

30 yanvar 1992-ci ildə “Azərbaycan Respublikası Dövlət Gömrük Komitəsinin yaradılması haqqında” Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 561 saylı fərmanı ilə Gömrük Komitəsi yaradıldı. Komitə əsasən keçmiş Azərbaycan Respublikası Gömrük İdarəsinin bazasında yaradılmışdır.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin həmin fərmanı əsasında Azərbaycan Respublikası Nazirlər Soveti 01 iyun 1992-ci ildə 301 saylı “Azərbaycan Respublikası Gömrük Komitəsinin məsələləri” haqqında qərar verdi. Bundan sonra N.K. 19 yanvar 1994-cü il tarixli qərarı ilə Gömrük Komitəsinin məsələlərinin və ona tabe təşkilatların siyahısı həll edildi və onun maddi-texniki bazası yaradıldı. Son verilən bu qərarda Gömrük Komitəsinin maddi-texniki təchizat məsələləri ilə yanaşı, yeni gömrük postlarının açılması da öz əksini tapmışdır. O zaman, Azərbaycan Respublikası Gömrük Komitəsinə Naxçıvan MR Gömrük Komitəsi, Bakı Baş Gömrük İdarəsi, 12 gömrükxana, Mərkəzi laboratoriya, avtomobil təsərrüfatı və təsərrüfat hesablı “Azərterminalkompleks” xarici iqtisadi birliyi daxil idi.